SMA Al-Quran Waddin mula beroperasi pada tahun 1960 iaitu bertempat di surau dengan keluasan 0.5 ekar dengan hanya 4 orang guru dan 60 orang pelajar sahaja. Pada tahun 1967, Tn Hj Marzuki Bin Hj Abd Salam telah membina Sekolah Menengah Agama Arab dengan menggabungkan mata pelajaran akademik dan dikenali pada masa itu sebagai Sekolah Agama Rakyat serta mendapat bantuan daripada kerajaan negeri
Pada awalnya sekolah hanya terdapat sebuah bangunan sahaja iaitu surau dan asrama. Kemudian bertambah menjadi 2 blok bangunan 4 tingkat dan kantin. 2 buah bangunan asrama 4 tingkat dibina menggantikan 2 buah bangunan asrama setingkat pada tahun 2006, serta kantin asrama. Seterusnya kemudahan lain turut dibina seperti bengkel kemahiran hidup ,tapak perhimpunan, bilik seminar, bilik ict , bilik KKQ , bilik frog VLE dan surau.
Pengasas madrasah ini ialah Tn Hj Sulaiman, Pn Jamilah dan Tn Hj Marzuki dengan jumlah guru seramai 16 orang sahaja serta 3 orang staf . Pengetua yang dilantik oleh KPM selepas SMA Al-Quran diambil alih oleh kerajaan menjadi SABK ialah Pn Hjh Che Selamah Bt Che Nik (2005 - 2010), Tn Hj Lukmanulhakim Bin Mashadi (2011 - 2017), Pn Hjh Rohana Binti Zainal (2018) dan Pn Hjh Arbaenah Binti Masud (2019 - sekarang). SMA Al-Quran kini terus mengorak langkah tahun demi tahun dengan barisan pendidik yang sentiasa berusaha bagi melahirkan insan yang berjaya di dunia dan akhirat selaras dengan matlamat sekolah SABK.
